如何处理这笔巨额债务，目前还未能拿出一个最佳方案。国家发改委综合运输研究所运输管理研究室主任刘斌认为，解决债务问题的任务越是急迫，改革方案的设计越须稳妥。国家财政没有能力因为铁路改革就一下子注销这笔坏账，各上市商业银行也经受不住铁路债务集中违约的打击。因此，建立有效的债务清偿和处理机构与机制应该是重点。

“作为实施铁路政企分开方案的组成部分，应该分别成立铁路运输总公司和铁路建设与资产管理总公司。几乎所有国际案例都证实了铁路债务困局主要是由政企合一的体制所造成的，因此也只能靠体制改革解决，而决不能反过来把债务处置理解成是改革的前提。”中国工程院院士王梦恕说。

在多年形成的铁路模式和复杂背景下，刘斌认为铁路改革大周期会长过其他行业的改革，“中国电信(微博)行业在政企分开改革后已有十多年时间，仍然在不停调整。