多头管辖的结果是，一些案件办案质量不高或案件流失。太原铁检院2005年办理过一起毒品案件：犯罪嫌疑人徐里古伙同达日让里里加加从成都往太原运输毒品，2005年8月31日晚，里里加加携带毒品从成都乘坐1486次旅客列车前往太原。9月2日5时许，当列车到达太原站后，徐里古伙同犯罪嫌疑人阿火热沙前往太原火车站出站口接应里里加加时被太原铁路公安处抓获，缴获毒品海洛因72.84克。

刘洋等人称，在抓捕犯罪嫌疑人阿火热沙的过程中，考虑到铁路公安机关的案件管辖问题，若在台阶以上抓捕，涉案毒品相关交易尚未结束，无法获取对嫌疑人定罪量刑的直接证据；若是将抓捕过程移至台阶下进行，就面临着没有执法权限的问题。

太原铁路公安在权衡之后，只好选择涉毒团伙在车站台阶上准备交易时实施抓捕，由于阿火热沙此时没有接到毒品，被抓后，他拒不承认贩毒、买毒的事实。

结果，此案为了确保案件管辖，导致案件证据不足，在公诉环节只能对嫌疑人阿火热沙作出存疑不诉的决定，最终造成案件质量不高的后果。

兰州铁路某基层法院法官刘明认为，这个刑事案例可能是个案，不过，一些民事案件的审理，就存在地方法院有管辖权，铁路法院也有管辖权的局面，如果地方法院案件量较大或是案件本身比较复杂等原因，便会出现推诿的情况。

陈光中教授说，铁路司法机构与地方司法机构在同一行政区域内割块管辖确实容易引发案件管辖的争端，这也是没改革前铁路司法机关存在的几个主要问题之一。

此外，陈光中还认为，铁路司法机构人事任免也有问题。改革前，铁路司法机构人员由铁路人事组织部门按铁路正式职工序列予以任免，部分检察分院的检察长及中级法院的院长并未经同级人大常委会的任免程序，这种现象在基层更为普遍，“这与现行法律规定的司法人员任免程序严重相悖”。